کتاب در اعماق آب حاوی رمانی از مجموعه‌ای است که شخصیت اصلی آن «کلیف هاردی» نام دارد. او یک کارآگاه خصوصی سابق است که در رمان حاضر، بر اثر سکتهٔ قلبی در بیمارستان بستری شده است. این کارآگاه در بیمارستان با پرستاری به نام «مارگارت مک کینلی» ملاقات می‌کند. پرستار نگران پدرش است؛ «دکتر هنری مک کینلی». پدر او یک زمین‌شناس مطرح استرالیایی است که مدتی است ناپدید شده است. مارگارت از کلیف هاردی تقاضا می‌کند تحقیقات دربارهٔ ناپدیدشدن پدرش را بر عهده بگیرد. کلیف هاردی به استرالیا برمی‌گردد و متوجه می‌شود پروندهٔ مک کینلی بسیار پیچیده‌تر از آن چیزی است که به نظر می‌رسد. او درگیر پروژه‌ای تحقیقاتی بوده که ردپای شرکت‌های تحقیقاتی بزرگ، گالری‌های هنری و حتی دولت استرالیا در آن میان به چشم می‌آید. هنری مک کینلی به قتل رسیده یا در گوشه‌ای امن مخفی شده است؟ کلیف هاردی به‌دنبال راه‌حل این معما به هر دری می‌زند؛ هر چند مجوز کارآگاهی او مدت‌ها است که باطل شده است.