اروین د. یالوم در مسئله اسپینوزا دو داستان را در کنار هم روایت می‌کند. در فصل‌های فرد، داستان بنتو (باروخ) اسپینوزا و در فصل‌های زوج داستان آلفرد روزنبرگ.
همان‌طور که گفته شد، اسپینوزا فیلسوف قرن هفده بود که از سوی جامعه یهود طرد شد. داستان اسپینوزا در کتاب با ملاقات دو نفر با او آغاز می‌شود. ژاکوب و فرانکو برای کمک نزد اسپینوزا می‌روند و ژاکوب از اسپینوزا می‌خواهد تا از تفکرات خاص برای کمک به فرانکو استفاده کند. آن‌ها نیز یهودی هستند و انتظار دارند که اسپینوزای یهودی درخواست آنان را رد نکند.
با توجه به شرایط خاصی که به وجود می‌آید، اسپینوزا تصمیم می‌گیرد با فرانکو صحبت کند و افکار و عقاید خودش را با او در میان بگذارد. در ادامه، طی یک سری از اتفاقات، خاخام‌های بزرگ جامعه یهود، که از افکار شیطانی اسپینوزا آگاه می‌شوند، تصمیم می‌گیرند او را طرد کنند. اسپینوزایی که در کودکی نزد همین خاخام‌ها رشد و پرورش یافته بود و همگان گمان می‌کردند او با هوش و ذکاوت بی‌نظیرش یکی از بزرگان یهود خواهد شد، هم‌اکنون سخت‌ترین حکم را دریافت می‌کند. این حکم در واقعیت نیز به همین سنگینی بوده است و یالوم آن را بازآفرینی کرده است.
در کنار داستان اسپینوزا، یالوم داستان آلفرد روزنبرگ را روایت می‌کند. کسی که عضو فعال حزب نازی و کسی است که ایدئولوژی‌های حزب را تعیین می‌کند. روزنبرگ یک ضدکمونیست و یهودستیز سرسخت است که به شدت اعتقاد دارد یهودیان باعث ضعیف شدن جامعه آلمان می‌شوند و باید مانع از آن شد که خون پاک و نژاد برتر آریایی را به خطر بیندازند. داستان روزنبرگ از زمان دبیرستان او شروع می‌شود. روزنبرگ در دبیرستان یک سخنرانی تند علیه یهودیان می‌کند و اکنون مدیران مدرسه در تلاش هستند که به افکار او سروسامان بدهند. هنگامی که روزنبرگ قهرمان خود را گوته معرفی می‌کند، مدیران مدرسه از او می‌خواهند در مورد قهرمان گوته نیز تحقیق کند و قهرمان گوته کسی نیست جز اسپینوزای یهودی.
شاید یک سوال خوب این باشد که روزنبرگ به راحتی می‌توانست موضوع ستایش اسپینوزا توسط گوته را قبول کند، چراکه خود اسپینوزا هم آموزه‌های یهود را قبول نداشت و حتی از سوی آنان تکفیر شد. در واقع اسپینوزا پیرو دین یهود نبود و عقل و خرد خودش را دنبال می‌کرد. اما مسئله‌ای که وجود دارد، این است که یک یهودی همیشه یک یهودی باقی می‌ماند، حتی اگر مسیحی شود یا هر نوع تغییر دیگری در خودش ایجاد کند. روزنبرگ عقیده داشت خون یهودی در رگ‌های اسپینوزا جریان داشت و گوته بزرگ، گوته‌ای که از نژاد برتر بود، نباید اسپینوزا را قهرمان خود قرار می‌داد. به دنبال همین مسئله این دو داستان در کتاب در عین حال که از هم جدا هستند به هم گره خورده است.