این کتاب در مورد جاناتان لیوینگستون، یک مرغ دریایی است که دوست ندارد مثل هزاران مرغ دریایی دیگر فقط به فکر خوردن و خوابیدن و گذران زندگی باشد. جاناتان می‌خواهد به شکل حرفه‌ای پرواز را یاد بگیرید. به همین خاطر دور از دیگران مراغ دریایی، تنها به تمرین مشغول است.
غلب مرغ‌های دریایی دغدغه‌شان فقط این است که ابتدایی‌ترین شیوه‌های پرواز را یاد بگیرند: چگونه خود را از کرانه به خوراک برسانند و برگردند. برای اغلب مرغ‌هایی دریایی، سیر کردن شکم بر اشتیاق به پرواز می‌چربد. اما برای این مرغ دریاییِ خاص، خوردن مهم نبود، بلکه به پرواز اهمیت می‌داد. بیش از هر چیز دیگر در دنیا. جاناتان لیوینگستون شیفته‌ی پرواز بود.
مدتی بعد جاناتان متوجه می‌شود که دیگران به شکل عجیبی به او نگاه می‌کنند و تلاش‌های او برای یادگیری پرواز را درک نمی‌کنند. حتی پدر و مادرش هم نگران او می‌شوند که فقط تمرین می‌کند و هیچ غذا نمی‌خورد و یک مشت پر و استخوان شده است. از جاناتان می‌خواهند که همرنگ جماعت باشد و مانند دیگران زندگی کند. اما جاناتان هدف والاتری دارد و در جواب مادرش چنین می‌گوید:
باکم نیست که یک مشت پر و استخوان بیش‌تر نباشم، مادر. فقط می‌خواهم بدانم در هوا چه کاری ازم برمیاد و چه کاری ازم ساخته نیست، همین و بس. جز این خواسته‌ای ندارم.
جاناتان هر روز با شوق بیشتر تمرین و انوع تکنیک‌های پرواز را کشف می‌کرد. اما یک روز ارشد گله او را به وسط مرغان دریایی که برای شورای بزرگ دور هم جمع شده بودند فراخواند و گفت:
جاناتان لیوینگستون مرغ دریایی، یک روز می‌فهمی بی‌مسئولیتی عاقبت خوشی ندارد. زندگی ناشناخته و ناشناختنی است، و ما چیزی از آن نمی‌دانیم جز این‌که به‌دنیا آمده‌ایم تا شکم‌مان را سیر بکنیم، و تا جایی که برای‌مان امکان دارد زنده بمانیم.
و به این ترتیب جاناتان مرغ دریایی از گله طرد شد.
اما طرد شدن جاناتان تازه شروع اصلی ماجراهایی زیبا و خواندنی است که بدون شک الهام‌بخش هر خواننده‌ای است.